Ошибки вида: "Документ с идентификатором уже зарегистрирован" решаем так:
Администрирование - федеральные Федеральные веб сервисы : -в форме настройки - открываем свернутый заголовок РЭМД- Федеральные веб сервисы ЭМД - в списке отбираем нужный нужный док по идентификатору документа - выделяем его и команда "Поиск в РЭМД" - открываем после строку - вкладка Федеральные статусы РЭМД - здесь нам должен вернуться статус "Зарегистрировано".